از اینرو شناخت و تشخیص به موقع سالمونلا از اهمیت خاصی برخوردار است. با ذكر تمامی این موارد به نظر میرسد تشخیص به موقع و كنترل باكتری از وظایف مهم آزمایشگاههای میكروبشناسی است. امروزه از 3 روش رایج به تشخیص باكتری میپردازند:
ـ روشهای كشت سنتی و آزمایشات بیوشیمیایی.
ـ روشهای سرولوژیكی.
ـ روشهای مولكولی.
برای تشخیص استفاده از روشهای سنتی مبتنی بر محیط كشت قابل قبول است ولی وقتگیر است و برای تایید جواب نهایی چند روز بهطول میانجامد .(Andrews & Hammack, 2007) علاوهبر این، روشهای ایمنولوژیك مانند الایزا وIMS نیز برای شناسائی سالمونلا توسه یافتهاند.
. (Mansfield & Forsythe, 2000 ; FAVRIN , 2001) با اینحال اختصایت كم و هزینههای بالا، استفاده ازین روشها را محدود كرده است. اخیرا روشهای مولكولی مانند PCR و real time PCR بهطور گسترده در شناسائی سالمونلا استفاده میشوند كه روشهایی كارآمد و حساس هستند.
Krascsenicsova et al., 2008) ; Eriksson & Aspan, 2007).
با اینحال این روشها نیازمند سیكل حرارتی اختصاصی و دستگاههای گرانقیمتاند. ازاینرو نیاز به یك روش دقیق، حساس، آسان و بهصرفهتر است. در سال 200 یك گروه ژاپنی یك روش تشخیص مولكولی به نام LAMP را معرفی كردند .(Notomi et al., 2000)از آن زمان روش LAMP به عنوان یك روش اختصاصی، حساس و سریع برای شناسائی پاتوژنهای ناشی از مواد غذائی مورد استفاده است. یك روش ساده، بدون نیاز به سیكل حرارتی اختصاصی و دستگاههای گرانقیمت و به آسانی قابل اجرا است(Hara-Kudo et al., 2005; Notomi et al., 2000).
هدف این تحقیق شناسائی باكتری سالمونلا تیفی در سالاد سبزیجات و سس مایونز آلوده با استفاده از روش LAMP، بهعنوان روشی سریع، حساس و اختصاصی میباشد.
اهداف تحقیق در نگاه اجمالی
- طراحی و بهینهسازی روش LAMP بر اساس ژن تهاجمی invA سالمونلا تیفی
- تعیین حد حساسیت روش PCR و LAMP به روی ژن تهاجمی invA سالمونلا تیفی
- مقایسه دو روش PCR و LAM
1-1-2- تاریخچه
در سال 1885 یك دامپزشك آمریكائی به نام دانیل المر سالمون برای اولین بار این باكتری را از خوك جدا كرد وآن را باسیلوس كلراسوئیس[1] نامید. در سال 1888 جرم دیگری توسط گارتنر از فردی كه در اثر گاستروانتریت ناشی از مصرف گوشت نپخته مرده بود جدا شد و آنرا باسیلوس انتریتیدیس نامید كه بعداً سالمونلا انتریتیدیس خوانده شد. در سال 1900 خواص این باكتری توسط فردی به نام لینیر بهطور رسمی تصویب گردید. از آنجا كه این ارگانیسم ها شبیه به باكتری های جدا شده توسط سالمون بودند، به همین جهت به افتخار كاشف اولیه این باكتری سالمونلا[2] نامیدند(Roumagnac et al., 2006).
در فاصله بین سالهای 1925ـ1900 بزرگترین رویداد در كشف سرولوژیكی آنتیژنهای سوماتیك و فلاژلا در مورد گروه سالمونلا بوسیله لیگنیرز انجام شد. در سال 1926 تركیبات پادگنی سالمونلا طبقهبندی گردید و جدولی به نام جدول كافمن ـ وایت ایجاد شد. در حال حاضر این جدول دارای حدود 2500 سروتیپ است (Bhatia & Nabb , 1980) .
سالمونلا بطور گسترده در طبیعت توزیع شده است مانند آب آلوده، خاك حاوی مدفوع حیوانات و غیره. به طور عمده این باكتریها در رودهی حیوانات ساكن است و مخزن اصلی آلودگی مرغ، تخم مرغ، دام، حیوانات خانگی و خزندگان است(Cidrp, 2009).
2-1-2- خواص شكلی
اعضای جنس سالمونلا باكتریهای میلهای شكل و اندازهی آن 5-2 ´5/1-7 /. میكرون بوده است.گرم منفی، بدون اسپور و متعلق به خانوادهی انتروباكتریاسهاند (J. Antonio , 2009 ; Dolye & Beuchat, 2007) .. اكثر اعضای این جنس متحرك و با تاژهی پریتریشاند بهجز چند مورد استثناء مانند سالمونلا گالیناروم[3] و سالمونلا پولوروم[4] (et al., 2005 Hara-Kudo).
3-1-2- خواص بیوشیمیایی
اعضای این جنس قادر به تخمیر گلوكز بوده ولی از تخمیر ساكارز و لاكتوز ناتوانند. بیشتر انواع سالمونلا ها گلوكز، مالتوز، مانیتول، دولسیتول، دكسترین و سوربیتول را تخمیر می كنند و اسید و گاز بوجود می آورند. اكثر سویهها H2sرا از منبع سولفوری معدنی تولید كرده و تولید H2S یکی از واکنش های کلیدی در تشخیص سالمونلاها میباشد. به استثنای سروتیپ تیفی[5] در بیشتر موارد جدا شده از گلوکز گاز ایجاد میکنند. در سیترات به عنوان تنها منبع كربن رشد میكنند اما برخی از گونه ها مانند سالمونلاتیفی و سالمونلا پاراتیفی A سیترات منفی هستند Aksoy, 2004)). این باكتری اكسیداز منفی و كاتالاز مثبت بوده. از تولیدات این باكتری لیزین در كربوكسیلات، سولفات هیدروژن وارنیتین میباشد.
( Alcamo , 1997 ; Connie & Manuselis, 2000) .
از دیگر ویژگیهای بیوشیمیایی این است كه اكثر سالمونلاها عدم تولید اندول، عدم تولید آنزیمهای اوره آز، لیپاز، دزاكسی ریبونوكلئاز، فنیلآلانین و تریپتوفان دآمیناز، دكربوكسیلاسیون اسیدهای آمینه لیزین، اورنیتین و آرژنین، واكنش مثبت در آزمایش متیلرد(MR) و واكنش منفی در آزمایش وژس ـ پروسكوئر (VP) مثبت میباشد.( (Alcamo , 1997 ; Dolye & Beuchat , 2007.
4-1-2- مقاومت در برابر عوامل فیزیكی و شیمیایی
این باكتری روی محیط كشت ماهها زنده میمانند. حرارت 60 درجه را 15 تا 20 دقیقه تحمل میكنند، سالمونلاها مدت 13 ماه در لاشههای آلوده نگهداری شده در یخچال، 120 روز درآب، 280 روز در خاك باغچه و مدت بسیار طولانی در شیرخشكهای بدون چربی و موادغذایی دارای تخم مرغ زنده میمانند. سالمونلاها نسبت به سرما مقاوم بوده و مدت3 ماه در برف و یخ زنده مانده واز این طریق میتوانند اپیدمی بهوجود آورند. كلرامنفیكل استرپتومیسین و بسیاری از آنتی بیوتیك های وسیع الطیف بر آن موثرند پنی سیلین بر آن كاملا بیاثر است. سالمونلاها همچنین نسبت به املاح صفراوی مقاومند وبه همین دلیل از این مواد نیز علاوه بر رنگها در تهیه محیطهای غنیكننده استفاده میكنند Aksoy, 2004)).
5-1-2- خواص كشت
اعضای این جنس هوازی بیهوازی اختیاری میباشند. مزوفیل بوده و رشد بهینهی آن در دمای 37درجه است.با اینحال برخی از سالمونلاهادر شرایط شدید زیست محیطی مانند درجه حرارت بالای 54 درجه و سرمای 4-2 درجه را تحمل كنند. pH مناسب برای رشد آن 5/7-5/ 6 می باشد ولی pH حدود 9- 5/4 را می تواند تحمل كند و اگر pH پائینتر از 4 برود باعث از بین رفتن میكروارگانیسم میشود. pH بیشتر از 9 صرفا از رشد آن جلوگیری میكند. غلظت نمك 3/ 5 % بالاتر عاملی در جهت جلوگیری از رشد و تكثیر باکتری است (Jay et al., 2005 ; Doyle.M, 2007).
اکثر سالمونلاها در روی آگار مغذی بعد از 24 ساعت پرگنه هایی به قطر 3-2 میلی متر و به رنگ سفید، خاکستری، مرطوب ،کروی، مسطح، برجسته و صاف ایجاد می کنند. اندازه و درجه کدورت پرگنه ها به نوع سروتیپ بستگی دارد. سالمونلاها در محیط های مایع نظیر آبگوشت مغذی و آب پپتونه رشد زیادی دارند Jay et al., 2005)).
انواع محیطهای غنی كننده میتوان به آبگوشت تتراتیونات آبگوشت سلنیت F، آبگوشت را پاپورت (حاوی كلریدمنیزیم و سبزمالاشیت) و آبگوشت سلنیت سیستین اشاره كرده معمولاً بعد از 24ـ18 ساعت از محیطهای غنی كننده روی محیطهای انتخابی جامد كشت میدهند. از محیطهای انتخابی و تفریقی میتوان به محیط مككانكی و محیط سالمونلا ـ شیگلا، محیط سبز درخشان، محیط آهن لیزیندار، محیط داكسی كلات سیترات یا محیط لیفسون(DCA)، محیط هكتوئن و محیط داكسی كلات ـ لیزین ـ گزیلور اشاره كرد. محیط بیسموت سولفات آگار، نیز به عنوان محیط انتخابی برای جداسازی سالمونلا مورد استفاده قرار میگیرد چرا كه قدرت انتخابگری این محیط بالاست. این باكتریها معمولاً كربوهیدرات را با تولید اسید و گاز تخمیر میكنند.
. (D’ Aoust , 1991 ; D’ Aoust , 1998 ; Connie & Manuselis, 2000 ; Ferretti , 2001)
6-1-2 شرایط رشد سالمونلاها
سالمونلاها قادرند در محیطهای ساده آزمایشگاهی رشد نمایند و از تركیبات ساده كربندار به عنوان منبع كربن و انرژی و از تعداد زیادی از تركیبات ازت به عنوان منبع نیتروژن استفاده كنند (D’Aoust , 1998).
اكثر سالمونلاها پروتوتروف بوده و در میحط حداقل نمك با یك منبع كربن مناسب و یا محیط حداقل آمونیوم ـ گلوكز توانایی رشد دارند .(Morse, 1988)اكثر سویههای سالمونلاتیفی جهت رشد احتیاج به اسید آمینه تریپتوفان دارند. رشد سالمونلاها در دامنه حرارتی 5 تا 47 درجه است ولی دمای اپتیمم 37 درجه است .(D’ Aoust , 1991)
بعضی از گونههای سالمونلا درجه حرارتهای بالاتر از c ْ54 را نیز تحمل میكنند و عدهای دیگر خواص سرما دوستی را بوسیله رشد كردن در c ْ4ـ2 از خود نشان دادند. دردرجه حرارتهای پائین امكان رشد و بقای سالمونلا بیشتر است. گزارش شده كه سالمونلاها نسبت به خشكی حساسند از اینرو انتشار آنها از طریق گرد و غبار و ذرات خشك كمتر از آب و مواد غذایی مرطوب است. بقاء سالمونلاها به طور نسبی به درجه حرارت محیط وابسته است .(Davis , 1996) به طوریكه در 55 درجه سانتیگراد در عرض یك ساعت و در 60 درجه در مدت 15 دقیقه نابود میشوند.
پاستوریزاسیون شیر باعث از بین رفتن سالمونلاها میگردد. شیر به مدت 3ـ2 ثانیه در 66 درجه سانتیگراد، تخممرغ به مدت 10 دقیقه در 55 درجه سانتیگراد و گوشت به مدت 10ـ15 دقیقه در 65 درجه سانتیگراد معمولاً عاری از سالمونلای زنده خواهند شد .(Alcamo , 1997)
رشد سالمونلا بوسله منابع مختلف كربن و نیتروژن تنظیم میشود. اندازه باكتری و میزان متوسط اجسام نوكلئوزیدی هر دو مستقیماً به میزان رشد وابستهاند. حساسترین معرف تغییر در میزان رشد، RNA ریبوزومی است. به جز مواردی كه میزان رشد بسیارپائین است، میزان ریبوزومها درهر میلیگرم پروتئین با میزان رشد متناسب است. به دنبال افزایش سنتز RNA به آرامی میزان سنتز پروتئین و DNA نیز افزایش مییابد. این مسأله به دلیل نقش تنظیمی RNA در سنتز تركیبات یافتهای است. آب نمك با غلظت بیش از 10% اثر كشندگی روی باكتری سالمونلا دارد .(D’ Aoust , 1991 ; Quinn , 1994)
7-1-2- بقا سالمونلا
بقای سالمونلاها در محیط تحتتأثیر عوامل مختلفی است. گزارش شده كه سالمونلا دابلین در زمستان حداقل به مدت 73 روز و در تابستان 119 روز در مدفوع زنده میماند. بنا به تحقیقات بقا سالمونلاتیفی موریوم در چراگاه و خاك و بسته حدود 200 روز تخمین زده شده است(.(Connie & Manuselis , 2000
بقاء سالمونلاها به طور نسبی به درجه حرارت محیط وابسته است به طوریكه سالمونلاتیفی موریوم و سالمونلا كلراسیس در c ْ29 به ترتیب 4 و 9 روز و در c ْ60 به مدت 25 و 38 روز زنده میمانند. مقاومت به حرارت در مورد سالمونلایی كه در یك محیط غنی از مواد مغذی رشد میكنند و یا در محیطی با aw كم هستند بیشتر از آنهایی است كه در یك محیط فقیرند. بررسیها نشان داده كه اگر سالمونلا تیفی موریوم در معرض محیط اسیدی ملایم (6 – 5/5) قرار گیرد سلول تا pH > 5/4 را تحمل میكند Foster , 1995)).
8-1-2- زیستگاه
سروتیپهای جنس سالمونلا از مهمترین باكتریهای میلهای گرم منفی، عامل التهاب های رودهای حاصل از مواد غذائی است كه با منشا انسانى و حیوانى پراكنش وسیعى در طبیعت دارند. زیستگاه اصلی سروتیپهای سالمونلا، روده جانورانی همانند پرندگان، خزندگان، جانوران مزرعها ی و انسان میباشد .میتواند از ماهی و لاكپشت نیز بهطور مستقیم انتقال یابد. انتشار این باکتری از حیوان به حیوان دیگر و استفاده از مواد غذایی دامی آلوده به سالمونلا توجیه کننده این مطلب است که حیوانات به عنوان مخزن باکتری میباشند MIRZAIE,2010)).